El Jardín era parte integrante de la Facultad de Filosofía Natural y fue creado en 1773 como consecuencia de la Reforma de la Universidad de Coimbra llevada a cabo por el marqués de Pombal. Será sólo a finales del siglo XIX cuando su exuberante vegetación refleje los estudios e intercambios botánicos efectuados con todos los rincones del planeta.